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공사기간이 연장됨에 따라 간접비를 청구하는 소송에서, 인정될 수 있는 간접비는 공사시간의 연장에 따라 추가로 지출하게 되는 비용으로서 공사기간의 연장과 객관적으로 관련성이 있어야 할 뿐 아니라 필요하고도 상당한 범위 내의 것이어야 한다(서울고등법원 2016. 7. 15. 선고 2015나2006713 판결). 실무상 간접비청구를 인정하면서 간접비를 산정할 때는 감정을 거친 후 감정결과에 대한 쌍방의 주장을 고려하여 산정한다.
간접노무비의 경우 구 정부입찰ㆍ계약집행 기준에서 간접노무비 산정방식을 규정하고 있었으나, 법원은 그 규정에서 정하고 있는 간접공사비 산정방식은 계약상대자의 계약금액 조정신청에 따라 당사자들 사이에 계약금액 조정이 이루어질 경우 계약담당공무원이 그 연장된 공사기간에 예상되는 간접노무비를 산정하는 기준을 제시한 것이므로, 계약금액 조정에 대한 합의가 이루어지지 않고 원고들이 연장된 공사기간에 실제로 지출한 간접공사비를 청구하는 경우에는 적용하지 않는다고 하였다(서울중앙지방법원 2013. 8. 23. 선고 2012가합22179 판결). 정부입찰ㆍ계약집행 기준이 개정된 후에도 그 규정의 의미에 대하여 법원은 위와 같은 입장을 재확인하고, 감정인이 정부입찰ㆍ계약집행 기준에 따라 간접노무비를 산정하지 않았어도 문제가 없다고 하였다(서울고등법원 2016. 7. 15. 선고 2015나2006713 판결).
실비를 기준으로 간접비를 산정할 때 간접비에 일반관리비와 이윤이 포함되어야 하는지도 문제가 되었다. 국가계약법령이나 정부입찰ㆍ계약집행 기준 등에서 실비를 산정할 때 일반관리비 및 이윤을 포함하도록 규정하였고, 계약상대자의 귀책사유 없이 공사기간이 연장되어 그 연장된 공사기간 동안 실제로 간접공사비를 지출한 경우에는 이에 따른 일반관리비와 이윤도 공사에 투입된 비용이므로, 간접공사비를 산정할 때는 도급내역서에 정한 율에 따른 일반관리비 및 이윤을 포함시켜야 한다(서울고등법원 2016. 6. 16. 선고 2015나200594 판결).
그런데 계약상대자가 공사입찰에 참가하면서 제출한 산출내역서에 일반관리비와 이윤을 0원으로 기재한 경우에 공사기간 연장에 따른 간접비청구에서 연장된 공사기간 동안의 일반관리비와 이윤을 어떻게 인정할지도 문제가 되었다. 계약상대자가 산출내역서에 일반관리비와 이윤을 0원으로 기재하였더라도, 내역서를 작성할 때 일반관리비 및 이윤에 대항하는 비용을 다른 비용에 포함시키는 방법으로 조정하였던 점을 들어서 계약상대자가 일반관리비와 이윤을 포기하였다고 볼 수 없다고 하면서, 연장된 공사기간 동안 실제로 간접공사비를 지출한 이상 이에 따른 일반관리비 및 이윤도 공사에 투입된 비용이라고 인정한 판결도 있고, 이와 달리 이윤 없이 공사를 수행할 것처럼 내역서를 제시한 이상 다시 이윤의 반영을 요구하는 것은 신의칙에 어긋난다는 이유로 인정하지 않은 판결도 있다.
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